変更したファイルがSourceTreeで表示されない

・発生している問題

現在、win7上でのSourceTreeをプロジェクトを管理しています。

内容を変更したファイルがSourceTreeに表示されず、コミットが行えず困っています。

以前は正常に動作していたので、何か間違った操作を行い、無視ファイルとして登録されたと思い調査したのですが、解決に至りませんでした。

どなたかご存知でしたらご教授いただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。

・試したこと

ブランチ内の.gitignoreを削除しても変わらず。

gitignore_globalファイルは存在せず。

オプション→グローバル無視リストは空の状態。

Git及びSourceTreeを再インストールしても変わらず。

ターミナルからGitコマンドで変更ファイルを直接git addすると、

fatal: ファイル名: ファイル名 is outside repository

というエラーが出て、add出来ません。

新規ファイル作成→git add、git commitまでは可能で、そのファイルの更新から後の作業が出来ません。

他者のプッシュした内容のプルは可能です。

・環境

Win7

SourceTree Ver2.4.8.0

Git 2.15.1（SourceTree内蔵git）