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JIRA 6.3.3以降をご利用の場合は、Atlassian社の開発ツールと組み合わせることで、ワークフローのトランジションに「トリガー」（Trigger）を設定できます。
この機能を使うと、コミット、ブランチ、プルリクエスト、レビューを操作したときに、課題のステータスを変更することができます。例えば、ブランチが作成されたらステータスを「作業中」に変更し、レビューが開始されたら「レビュー中」に変更するなどの操作を実現できます。
ただし、JIRA 6.3.3以降が必要です。また、組み合わせるAtlassian社製開発ツールのバージョンにも制限があります。詳細は前掲のドキュメントを参照してください。
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ユーザーの操作漏れを防止するため、課題に関連するソースコードをコミットしたときに、自動的にJIRA課題のステータスを変更できないでしょうか。